Prvi predsjednik samostalne Hrvatske bio je Franjo Tuđman (HDZ) u vrijeme kojeg su njegove ovlasti daleko nadmašivale one predsjednika vlade. Vladao je do smrti 1999. Nekako suprotno suvremenim inicijativama političke desnice da se Tuđmana idealizira, tužiteljica Međunarodnog suda za bivšu Jugoslaviju, Carla del Ponte, izjavila je 2002. da bi podigla optužnicu protiv Tuđmana za ratne zločine da je i dalje bio živ. Graham Blewitt, tužitelj istog suda, ocijenio je da su za tu optužnicu raspolagali dovoljnom količinom dokaza.
Glasovima manje-više svih stranaka osim HDZ-a, predsjedničke ovlasti drastično su smanjene pa je predsjednik države postao više protokolarna funkcija, a predsjednik vlade glavni nositelj izvršne vlasti. U tom smislu, Tuđmana je na mjestu “šefa države” 2000. naslijedio Ivica Račan (SDP) koji je vladao do 2003. Račanu se prigovaralo štošta (uglavnom vezano za Domovinski rat), ali čak i njegovi izravni politički protivnici Nastavi čitati “Kratka povijest hrvatskih šefova države”